祖師堂は宗祖日蓮聖人をお祀りするお堂で、最初は鎌倉時代の正中2年(1325)に上棟した小規模な五間堂でした。その後、焼失などのため幾度か再建があり、現在の祖師堂は江戸時代中期の延宝6年(1678)に上棟されたものです。屋根は当時でも非常に珍しかった、比翼入母屋造りの堂でしたが、さまざまな問題から巨大な破風を持つ入母屋造りに改造され、優雅な姿から、威厳高い祖師堂へと変身しました。
昭和62年(1987)より、日常大聖人第700遠忌事業として、10年の月日をかけて解体修復工事が行われ、平成9年(1997)に復元が完成し、創建当時の比翼入母屋造りの祖師堂になりました。
祖師堂は大きな7間堂で、屋根を二つ重ねたような比翼入母屋造りが特徴です。このお堂の他に比翼入母屋造りの屋根を持つのは、全国でも岡山県にある吉備津神社本殿(国宝)だけです。
堂内は外陣、内陣、脇陣、後陣からなり、外陣は吹き放し、内外陣には結界を入れ、大きな行事の際にはこれらを空け放って堂内を広く使うことが出来るようになっています。これは日蓮宗の本堂に見られる特有の形式です。内陣は本来板敷きですが、現在は畳を敷き詰めてあります。
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